Có thể kê khai thuế khi sử dụng hóa đơn điện tử không?

Từ ngày 01/06/2025, hóa đơn điện tử (HĐĐT) trở thành bắt buộc 100% với mọi doanh nghiệp và hộ kinh doanh theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC. Việc kê khai thuế dựa trên hóa đơn điện tử không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là nền tảng cho chuyển đổi số thuế, giúp cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu realtime, giảm sai sót 90% và chống thất thu hiệu quả. Với hơn 95% doanh nghiệp đã áp dụng hóa đơn điện tử, kê khai thuế năm 2025 được tự động hóa mạnh mẽ qua hệ thống eTax, dữ liệu hóa đơn đầu vào/ra truyền trực tiếp vào tờ khai. Tuy nhiên, sai sót trong kê khai vẫn dẫn đến phạt 20% số thuế thiếu hoặc từ chối khấu trừ GTGT. Bài viết này hướng dẫn toàn diện quy định kê khai thuế với hóa đơn điện tử, quy trình thực hiện và lưu ý thực tiễn năm 2025.

1. Cơ Sở Pháp Lý Và Nguyên Tắc Kê Khai Thuế Với HĐĐT

Kê khai thuế với hóa đơn điện tử được quy định tại:

• Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP).
• Thông tư 78/2021/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 32/2025/TT-BTC).
• Luật Quản lý thuế 2019 (sửa đổi 2024).

>> Tham khảo: Quy định Báo cáo lưu chuyển tiền tệ theo Thông tư 99/2025/TT-BTC.

Nguyên tắc chính:

• Dữ liệu hóa đơn điện tử truyền realtime đến Tổng cục Thuế qua Cổng hoadondientu.gdt.gov.vn.
• Tờ khai thuế GTGT, TNDN, TNCN phải dựa hoàn toàn trên dữ liệu hóa đơn điện tử hợp lệ (có mã QR, chữ ký số, 38 tiêu thức đầy đủ).
• Hóa đơn điện tử không hợp lệ (sai ký hiệu, thiếu mã cơ quan thuế) → Không được khấu trừ đầu vào, không kê khai đầu ra.
• Từ 01/06/2025, ký hiệu hóa đơn điện tử chuẩn 6 ký tự (C/K + 25 + loại + T/N + đặc thù).

2. Các Loại Thuế Kê Khai Dựa Trên HĐĐT

Thuế GTGT là loại chịu ảnh hưởng lớn nhất từ hóa đơn điện tử, với dữ liệu tự động đổ vào tờ khai 01/GTGT.

>> Tham khảo: Báo giá hóa đơn điện tử.

3. Quy Trình Kê Khai Thuế Với HĐĐT

Bước 1: Thu thập và kiểm tra hóa đơn điện tử

• Đầu ra: Kiểm tra báo cáo sử dụng hóa đơn (BC26/AC) trên hoadondientu.gdt.gov.vn.
• Đầu vào: Tra cứu tại tracuuhoadon.gdt.gov.vn → Chỉ chấp nhận hóa đơn điện tử hợp lệ (trạng thái “Hợp lệ”).

Bước 2: Đăng nhập eTax

• https://thuedientu.gdt.gov.vn → Ký số bằng Token doanh nghiệp.

Bước 3: Hệ thống tự động tải dữ liệu hóa đơn điện tử

• 95% doanh thu, chi phí từ hóa đơn điện tử đổ sẵn vào tờ khai → Chỉ cần kiểm tra.

>> Tham khảo: Hướng dẫn kê khai thuế hộ kinh doanh trên HTKK mới nhất.

Bước 4: Kê khai chi tiết

• Tờ khai 01/GTGT: Chỉ tiêu [21] doanh thu chịu thuế, [32-36] đầu vào khấu trừ.
• Điều chỉnh sai sót: Nhập chỉ tiêu 24-25 (tăng/giảm từ hóa đơn điện tử điều chỉnh).
• Hóa đơn điện tử từ máy tính tiền: Dữ liệu truyền hàng ngày → Tự động tổng hợp.

Bước 5: Kiểm tra và ký số

• Nhấn “Kiểm tra tờ khai” → Hệ thống báo lỗi nếu hóa đơn điện tử không khớp.
• Ký số → Nộp tờ khai.

Bước 6: Nộp tiền thuế (nếu có)

• Chuyển khoản ngân hàng hoặc ví điện tử → Nhận biên lai tức thì.

Ví dụ: Doanh nghiệp phát hành 1.000 hóa đơn điện tử đầu ra quý IV/2025, tổng 10 tỷ → Dữ liệu tự động vào chỉ tiêu [21]; đầu vào 8 tỷ → Khấu trừ tự động.

>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.

4. Lợi Ích Và Thách Thức Khi Kê Khai Với HĐĐT

Lợi ích:

• Tự động hóa: Giảm 90% thời gian kê khai (từ 2-3 ngày xuống 30 phút).
• Minh bạch: Cơ quan thuế đối chiếu realtime → Phát hiện sai sót sớm.
• Hoàn thuế nhanh: Dữ liệu hóa đơn điện tử hợp lệ → Hoàn GTGT xuất khẩu trong 10 ngày.
• Tiết kiệm chi phí: Không in ấn, lưu trữ giấy tờ.

Thách thức:

• Sai hóa đơn điện tử: Thiếu mã QR, sai ký hiệu → Không khấu trừ, phạt 20% thuế thiếu.
• Hộ kinh doanh mới chuyển đổi: Khó khăn tích hợp máy tính tiền → Phạt 4-8 triệu nếu chậm.

>> Tham khảo: Thời điểm xuất hóa đơn điện tử.

5. Lưu Ý Quan Trọng

• Hóa đơn điện tử không hợp lệ: Không được kê khai (sai MST, thiếu chữ ký số).
• Điều chỉnh HĐĐT: Phải lập hóa đơn điện tử điều chỉnh (mẫu 04HGDL) trước khi kê khai bổ sung.
• Báo cáo sử dụng hóa đơn: Nộp quý trước ngày 20 tháng đầu quý sau → Cơ sở đối chiếu kê khai.
• Phạt vi phạm: Chậm kê khai: 4-20 triệu; sai giảm thuế: 20% + lãi chậm nộp.
• Hỗ trợ HKD: Tặng 5.000 hóa đơn điện tử miễn phí, đào tạo online trong “60 ngày cao điểm”.

Kết Luận

Mọi thắc mắc hay muốn được tư vấn muốn được tư vấn về phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice hoàn toàn miễn phí, Quý doanh nghiệp vui lòng liên hệ:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

• Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
• Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
• Tel : 024.37545222
• Fax: 024.37545223
• Website: https://einvoice.vn/